肩こりの一番の原因が姿勢。特に長時間、同じ姿勢でいるとまず腰の硬直から始まり、背中の疲れ、そして肩甲骨周りの筋肉が硬直していきます。
特に悪いのがデスクワークなどで肩が前に入っていく姿勢（下図より）。要するに猫背です。肩の前の部分が委縮し硬直して、ひどい時は痛みが出ますが、その時には最大限に肩甲骨や腰が疲労している時だと思っていいでしょう。

パソコンをする、字を書く、荷物を持つ、掃除機をかけるといった腕を酷使しての二次的な影響で肩・首に力が加わり、疲労とともに力が抜けずに肩が凝る、首が凝るというものです。
自分では腕を使ってないと思ってても、座っている時、寝転んでいる時に身体を腕で支えてるなど、無意識に腕を酷使しているケースが十分に考えられます。

心理的な刺激も大きな理由の一つで肩や首といったところは、心理状態をよく表すものです。
例えば、がっかりすると肩を落とし首が下を向いて猫背になり、また怒ってると両肩がうえに上がっています。首が凝ったり痛んだりするのは、不安やイライラ、心配ごとなどストレスからくる神経的な疲労によるものも考えられます。

睡眠中に起こる無呼吸症候群とは耳にしますが、これは昼間にもあります。何かに集中している時など、長い場合には数分にも及ぶと言われています。
筋肉は呼吸を吐いた時に緩むもので、深呼吸をすると吐き切った時が一番身体から力が抜ける瞬間です。つまり無呼吸状態である時、身体には無駄な力が入っていて身体が緩みません。悪い姿勢のまま無呼吸状態が長いと、身体の歪みとともに肩こりの原因になります。

食べ過ぎが常習になると、胃のうしろにあたる背中が硬直して、関連する筋肉（僧帽筋）が緊張します。また、食べ過ぎることで消化活動する胃に血流が集中し、身体全体への血流が悪化します。疲れた身体に休息を！ストレス解消に！と、飲み食いがついつい度を過ぎると、逆に肩を凝らせる結果になります。

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